当サービスではAWSサポートのエンタープライズサポートに加入しておりますことから、「Trusted Advisor」による定期的な状態確認の、APIコールが発行されることで、微量な課金が発生します。
S3におけるデータ転送（サービス利用料の項目で product_productFamily：Data Transfer）では、該当のS3に発行された「ReadLocation」「ListAllMyBuckets」のリクエストによって発生するようです。
CloudTrailで詳細を確認頂けますが、一般的にTrusted Advisorのサービスリンクロールのアクセス許可によるものである可能性が考えられます。
▼Trusted Advisorのサービスリンクロールのアクセス許可
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/awssupport/latest/user/using-service-linked-roles-ta.html#service-linked-role-permissions-ta
▼AWSTrustedAdvisorServiceRolePolicy
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/aws-managed-policy/latest/reference/AWSTrustedAdvisorServiceRolePolicy.html
▼AWS CloudTrail を使用した Amazon S3 API コールのログ記録
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonS3/latest/userguide/cloudtrail-logging.html
また、EBS, S3, RDS, Redshift, Elastic Transcoder, WorkMail, CloudTrail などを利用した場合に、間接的にAWS Key Management Service（KMS）のリクエストが発生し、課金が発生する場合もあります。
さらに、AWSが詳細に公開しているガイドはございませんが、一例として、AWSのマネジメントコンソールから、
S3やDynamoDB、CodeArtifact、Simple Queue Service、Simple Notification Service などのサービス画面にアクセスすることで、課金が発生することをAWSへの問い合わせで確認しております。
当サービスでは、AWS 無料利用枠は適用されないため、上記のような場合の課金でも、請求の対象となりますことを予めご了承ください。
その他、使用していないサービスやリージョンなどで課金が発生していた場合は、CloudTrailなどで状況をご確認ください。
■関連情報
CloudTrail
一定値未満の利用に対しても課金がされているのは何故ですか
https://nhn-techorus.zendesk.com/hc/ja/articles/4408014541593